每期会议一个主题。主题必须是全省性或区域性或跨区域发展中以及闽台交流合作中带有基础性、前瞻性和战略性的科学与技术问题。重点围绕以下方向：
1.自然科学领域的前沿科学问题和工程技术领域的前沿技术问题；
2.自然科学与社会科学交叉领域的重要科学问题；
3.主导产业、优势产业和战略性新兴产业的关键、共性的技术问题；
4.区域或跨区域发展的重大科学与技术问题；
5.闽台交流合作中重点关注的科学与技术问题；
6.科技发展战略、科技政策与管理等方面的重大问题；
7.其它重大科学与技术问题。